٣: ١-٢١ إنّ قصَّة يسوع ونيقوديموس تدعم مواضيع يوحنا من حيث أنّ يسوع هو المسيح وابن الله (موقف تبريريٌّ)، وأنه أتى ليُقدِّم الخلاص للناس (موقف تبشيريٌّ). وفي الواقع إنّ يو ٢: ٢٣ و٢٤ يخدم كمقدِّمة لقصَّة نيقوديموس، باعتبار أنّ ف ٣ يُؤلِّف دليلاً ملموسًا على قدرة يسوع على معرفة قلوب الناس، وبهذا يُظهِر أيضًا أُلوهيَّة يسوع. كذلك عرَضَ يسوع لنيقوديموس خطَّة الله للخلاص، مُظهرًا أنه كان الرسول الإلهيَّ الذي يُؤتي عملُه الفدائيُّ الخلاصَ الذي وُعِد به شعبه (ع ١٤). وهذا الأصحاح يمكن تقسيمه إلى قسمين: ١) حوار يسوع مع نيقوديموس (ع ١-١٠)؛ ٢) كلام يسوع عن خطَّة الله للخلاص (ع ١١-٢١).

٣: ١-١٠ هذا القِسم الذي هو حوار يسوع مع نيقوديموس، قد يُقسَم إلى ثلاثة أقسام: ١) استعلام نيقوديموس عن يسوع (ع ١-٣)؛ ٢) نفاذ بصيرة يسوع إلى دخيلة نيقوديموس (ع ٤-٨)؛ ٣) اتهام يسوع لنيقوديموس (ع ٩ و١٠).

٣: ٨ الريحُ تَهُبُّ حيث تشاء. كان مَرمى يسوع أنه كما أنّ الريح لا يمكن الإنسان أن يسيطر عليها أو يفهمها، لكن يمكنه أن يشهد فعلها، هكذا الحال مع الروح القدس. لا يمكن التحكُّم به أو فهمه، لكنّ برهان عمله ظاهر. فحيث الروح يعمل، فهناك دليل لا يُنكَر ولا يُنفى.