٣: ١-٢١ إنّ قصَّة يسوع ونيقوديموس تدعم مواضيع يوحنا من حيث أنّ يسوع هو المسيح وابن الله (موقف تبريريٌّ)، وأنه أتى ليُقدِّم الخلاص للناس (موقف تبشيريٌّ). وفي الواقع إنّ يو ٢: ٢٣ و٢٤ يخدم كمقدِّمة لقصَّة نيقوديموس، باعتبار أنّ ف ٣ يُؤلِّف دليلاً ملموسًا على قدرة يسوع على معرفة قلوب الناس، وبهذا يُظهِر أيضًا أُلوهيَّة يسوع. كذلك عرَضَ يسوع لنيقوديموس خطَّة الله للخلاص، مُظهرًا أنه كان الرسول الإلهيَّ الذي يُؤتي عملُه الفدائيُّ الخلاصَ الذي وُعِد به شعبه (ع ١٤). وهذا الأصحاح يمكن تقسيمه إلى قسمين: ١) حوار يسوع مع نيقوديموس (ع ١-١٠)؛ ٢) كلام يسوع عن خطَّة الله للخلاص (ع ١١-٢١).

٣: ١-١٠ هذا القِسم الذي هو حوار يسوع مع نيقوديموس، قد يُقسَم إلى ثلاثة أقسام: ١) استعلام نيقوديموس عن يسوع (ع ١-٣)؛ ٢) نفاذ بصيرة يسوع إلى دخيلة نيقوديموس (ع ٤-٨)؛ ٣) اتهام يسوع لنيقوديموس (ع ٩ و١٠).

٣: ٢ جاء إلى يسوع ليلاً. بينما يظنُّ البعض أنّ زيارة نيقوديموس ليلاً كانت بمعنى ما مجازيَّة نسبةً إلى الظلام الروحيِّ الذي في قلبه (رج ١: ٥؛ ٩: ٤؛ ١١: ١٠؛ ١٣: ٣٠)، أو أنه صمَّم أن يأتي في ذلك الحين لأنه يستطيع أن يأخذ الوقت الكافي مع يسوع ولا يكون مستعجلاً في حديثه، إلاّ أنّ التفسير المنطقيَّ جدًّا يكمن ربّما في الحقيقة أنّ نيقوديموس كان خائفًا كرئيس لليهود من تداعيات اجتماعه المكشوف، وحديثه مع يسوع. وقد اختار الليل ليتسنّى له الاجتماع بيسوع سِرًّا، بدلاً من تعريض نفسه لاحتقار زملائه الفريسيِّين له، الذين لم يكن يسوع مقبولاً بينهم.